Re: Compiler / linker error

Hi,

On Mon, Mar 15, 2021 at 10:49:48AM +0100, Stefan Huerter wrote:
>
> Guckux Harold
>
> >Kannst du mal bitte folgendes probieren:
> > ldd /usr/local/lib/libhdf5.so | grep H5PTclose
> > ldd /usr/local/lib/libhdf5_hl.so | grep H5PTclose
>
> Hm, das ldd listet doch "nur" die verlinkten libraries, auf welche
> zugegriffen wird?

Gah, klar, ich meinte "nm". Eigentlich dachte ich jetzt auch mir wäre
der Typo vor dem Abschicken der Mail noch aufgefallen und ich hätte
ihn korrigiert, aber das war wohl noch vor dem ersten Kaffee...

> H5PTclose ist doch eine "Funktion" - undefined symbol.
> Interessant fand ich dabei, das "did you mean: H5Tclose"

Ja, es gibt ein Symbol/eine Funktion H5PTclose in libhdf5_hl und
eine Funktion H5Tclose in libhdf5.

> >Der Port sollte an der Stelle aber gefixt werden - wenn man den Port
> >ohne die HDF5-Option baut dann sollte der wohl ein "--with-hdf5=no" im
> >configure mitbekommen. Und *mit* HDF5-Option sollte der möglicherweise
> >gegen libhdf5_hl linken, das ist gerade aber ein wenig Spekulation...
>
> hm, das letzte mal als ich nen "Bug" Reporten wollte, kamen "wir"
> damit nicht klar, weil ich leider nicht kompetent genug war, mich
> entsprechend präzise ausdrücken/ es zu kommunizieren.

Naja, in Szenarien wie diesem ist es ja auch nicht gerade einfach -
bei dir compiliert es nicht, aber woanders ist das so erstmal nicht
reproduzierbar, da muss man dann natürlich genauer schauen wo sich die
Umgebungen unterscheiden.

Aber wenn das so ist wie ich es mir gerade denke, dann ist es
natürlich auch etwas doof wenn SLURM am Ende mit einer
HDF5-Abhängigkeit compiliert wird, das aber in der Portsdatenbank so
nicht vermerkt wird. Dann kannst du nämlich ohne Probleme "pkg remoe
hdf5" ausführen, aber SLURM läuft danach nicht mehr (richtig).

Ich schau mal ob ich irgendwann die nächsten Tage dazu komme mir das
genauer anzuschauen. Oder wenn irgendeiner der hier mitlesenden
Ports-Committer möchte, nur zu :-).

viele Grüße,
  Harold

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Received on Mon 15 Mar 2021 - 11:27:08 CET