Re: Compiler / linker error

Guckux Harold

>>>> /usr/ports/sysutils/slurm-wlm/work/slurm-20.02.1/src/api/.libs/libslurmfull.so
>>>> ../.libs/libhdf5_api.a -lsysinfo -lprocstat -lm -ldl -lz -lsz -lhdf5
>>>> -pthread -Wl,-rpath -Wl,/usr/local/lib/slurm
>>>> ld: error: undefined symbol: H5PTclose
>>>>>>> did you mean: H5Tclose
>>>>>>> defined in: /usr/local/lib/libhdf5.so
>>> Die Funktion sollte es eigentlich schon geben bzw. die sollte schon
>>> von libhdf5.so exportiert werden, was für eine Version von HDF5 ist
>>> das denn?
>> [root(at)alpina ~]# pkg info hdf5
>> hdf5-1.10.6,1
> OK, die sollte das haben. Mh... aber das Symbol scheint in libhdf5_hl
> zu sein.

> Kannst du mal bitte folgendes probieren:
> ldd /usr/local/lib/libhdf5.so | grep H5PTclose
> ldd /usr/local/lib/libhdf5_hl.so | grep H5PTclose

Hm, das ldd listet doch "nur" die verlinkten libraries, auf welche
zugegriffen wird?
H5PTclose ist doch eine "Funktion" - undefined symbol.
Interessant fand ich dabei, das "did you mean: H5Tclose"

>>> Wenn du aber HDF5 in SLURM nicht unbedingt brauchst kannst du SLURM
>> Das ist ein Punkt, welchen ich leider nicht beantworten kann, da mir
>> so manche "Verkettung" resp. dependencies nicht geläufig ist, viele
> Dann brauchst du es vermutlich nicht ;-).

Danke für Deine Ausführung! Jetzt bin ich geneigt, Dir zuzustimmen ;)
daß ich es nicht brauche :D

> AFAIK werden die binary Pakete in leeren Umgebungen gebaut - Jail +
> Abhängigkeiten des Ports/Pakets und sonst nichts.

Wieder was gelernt - merci!

> Der Port sollte an der Stelle aber gefixt werden - wenn man den Port
> ohne die HDF5-Option baut dann sollte der wohl ein "--with-hdf5=no" im
> configure mitbekommen. Und *mit* HDF5-Option sollte der möglicherweise
> gegen libhdf5_hl linken, das ist gerade aber ein wenig Spekulation...

hm, das letzte mal als ich nen "Bug" Reporten wollte, kamen "wir"
damit nicht klar, weil ich leider nicht kompetent genug war, mich
entsprechend präzise ausdrücken/ es zu kommunizieren.

Danke Dir auf jeden Fall nochmal!

Bye
     Stefan

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Received on Mon 15 Mar 2021 - 10:49:55 CET